Најголемиот дел од финансирањето на НФС – Дарителски регистар за срцевина се покрива од средствата на Научна фондација СПИРОСКИ наменети за финансирање на овој регистар. Значаен дел од средствата за 2021 и 2022 година се покриваат од проектот на Цивика Мобилитас НФС – ПРОГРАМА ЗА ДАРУВАЊЕ СРЦЕВИНА [НФС-ПДС]. Во оваа програма се предвидени средства за двата партнери Здружение на граѓани Македонска медицинска студентска асоцијација – ММСА, Скопје и Студентски организирана медицинска асоцијација СОМА, Штип. Најмал дел од финансирање се остварува од дарување пари преку дарителските телефони и преку веб страницата на дарителскиот регистар.

Стратешка определба на НФС – Дарителски регистар за срцевина е обезбедување самоодржливост во финансирањето преку донацци на пари и преку научни проекти со значително намалување на финсирањето од Научна фондација СПИРОСКИ.